Добрый день, Олег!
По вашему вопросу об уплате НДФЛ при продаже нежилого помещения сообщаю следующее:
Согласно п. 1 ст. 217.1 Налогового кодекса РФ, доходы, получаемые физическим лицом от продажи объектов недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения и более.
Минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 5 лет, а в некоторых случаях — 3 года (п. 3, 4 ст. 217.1 НК РФ).
Поскольку вы владеете нежилым помещением более 10 лет, что превышает минимальный предельный срок владения, доход от его продажи освобождается от налогообложения НДФЛ.
Важно отметить, что факт передачи помещения вашему ООО для последующей сдачи в аренду не влияет на ваше право собственности и срок владения имуществом, если право собственности на помещение не переоформлялось на ООО.
Если же между вами и ООО был заключен договор аренды этого помещения, и вы как физическое лицо получали арендную плату от ООО, то с этих доходов вы должны были уплачивать НДФЛ. Но это не влияет на налогообложение дохода от продажи самого помещения.
Удачи в делах!