Куда обжаловать взыскание алиментов и как учитывать добровольные выплаты?

В частности:

Статья 128. Извещение должника о вынесении судебного приказа

Судья в пятидневный срок со дня вынесения судебного приказа высылает копию судебного приказа должнику, который в течение десяти дней со дня получения приказа имеет право представить возражения относительно его исполнения.
Статья 129. Отмена судебного приказа

При поступлении в установленный срок возражений должника относительно исполнения судебного приказа судья отменяет судебный приказ. В определении об отмене судебного приказа судья разъясняет взыскателю, что заявленное требование им может быть предъявлено в порядке искового производства. Копии определения суда об отмене судебного приказа направляются сторонам не позднее трех дней после дня его вынесения.

Если прошло более 10 дней дней, то надо будет подавать ходатайствовать о восстановлении срока (ст. 112 ГПК РФ).

В возражениях необходимо указать причины по которым он не мог вовремя подать  возражения на приказ и приложить документы, доказывающие это.

Вопрос второй, как мне правильно осуществлять оплаты на содержание до момента начала выплат супруге официальных алименто

Не совсем понятно — что значит до начала выплат?

Вопрос первый, куда мне подавать жалобу о необоснованности подачи на алименты.

 Если это был судебный приказ, то Вы вправе подать на него возражения относительно исполнения  мировому судье, который его вынес, в течение 10 дней с момента получения его копии.

 Согласно ст. 129 Гражданского процессуального Кодекса РФ:

1. При поступлении в установленный срок возражений должника относительно исполнения судебного приказа судья отменяет судебный приказ.

Если это было решение районного суда или заочное решение, то там иной порядок. Поэтому уточните, какой судебный акт имел место в Вашем случае.