Могу ли я выписать из муниципальной квартиры племянника если он не проживает в ней более 20 лет

Да, Вы можете его выписать. Если он не возражает, то в органах регистрационного учета.

Если же он против либо нет возможности с ним связаться- то, снять с регистрационного учета племянника можно только путем обращения в суд с исковым заявлением о признании его утратившим право на жилое помещение и снятии с регистрационного учета, согласно ч. 3 ст. 83 ЖК РФ, в связи с выездом в другое место жительства.