Есть ли в данной ситуации какие либо способы защиты у работодателя?

Здравствуйте Артем.

В соответствии с положениями статьи ТК РФ Статья 16. Основания возникновения трудовых отношений.

Из которой следует, что:

Трудовые отношения между работником и работодателем возникают также на основании фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя в случае, когда трудовой договор не был надлежащим образом  оформлен.-http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34683/3c92ae8cb5e74f9f61fa1592dc431e3747b65015/

Если данные правоотношения носили фактически характер трудовых, он  вправе  в судебном порядке заявить требования о признании их таковыми, предоставить суду доказательства  таких обстоятельств, которые будут свидетельствовать  о  соглашении в рамках которого он  лично выполнял    трудовую  функцию за плату, подчинялся    правилам внутреннего трудового распорядка, при его фактическом допущении к работе с ведома или по поручению работодателя, либо  уполномоченного на это представителя работодателя. при наличии таковых вопрос будет решен положительно.

Соответственно потребовать взыскать заработную плату, компенсацию морального вреда.

Т.е. решать в судебном порядке.

К примеру с соответствующей информацией можете ознакомиться по следующей ссылке:

Верховный суд помог работникам установить трудовые отношения-https://pravo.ru/story/210028/

Далее я продолжу в следующем ответе ниже.

Здравствуйте.

Согласно ст. 67 Трудового кодекса РФ, если работник фактически допущен к работе, но трудовой договор не оформлен в письменной форме, трудовые отношения считаются заключёнными с момента фактического допуска к работе. При этом работодатель обязан оформить трудовой договор в течение трёх дней с начала работы. Отсутствие оформления договора не освобождает работодателя от ответственности и обязательств по выплате заработной платы и другим трудовым правам работника.

При этом, отсутствие документов от работника (паспорт, СНИЛС, ИНН и т.п.) не является основанием для отказа в оформлении трудового договора или признания отсутствия трудовых отношений. Работодатель обязан запросить эти документы, но их непредставление не освобождает работодателя от обязанностей по оформлению и выплатам.

В вашем случае необходимо признать трудовые отношения и, в части прогулов работника руководствоваться трудовым законодательством: 

Согласно ст. 84.1 ТК РФ днем прекращения трудовых отношений является последний день работы работника, в данном случае днем увольнения следует указывать день, предшествующий первому дню прогула.

Приказ (распоряжение) работодателя о применении дисциплинарного взыскания объявляется работнику под расписку в течение 3 рабочих дней со дня его издания, не считая времени отсутствия работника на работе.

Если работник отказывается ознакомиться с указанным приказом (распоряжением) под расписку, то составляется соответствующий акт.

 Оформление расторжения трудового договора на основании пп. «а» п. 6 ч. 1 ст. 81 ТК РФ производится в общем порядке. 

Окончательный расчет с работником при увольнении производится с учетом того, что время прогула оплате не подлежит. Также время прогула исключается из стажа работы при расчете компенсации за неиспользованный отпуск.

Уважаемый Артем, здравствуйте! К сожалению, в судах (если о будущем говорим), ничего хорошего Вас скорее всего не ждет. 

Позиция ВС РФ однозначна — суды должны учитывать не только формальные документы (трудовой договор или штатное расписание), но и фактические признаки наличия трудовых отношений (ст. 15 и ст. 56 ТК).

Способ защиты права у работодателя один — урегулировать вопрос мирным путем.

Ссылка на ч. 1 ст. 65 ТК РФ о документах при приеме «не устраняет» возникновение трудовых отношений при допуске к работе. За уклонение от оформления предусмотрена административная ответственность по ст. 5.27 КоАП РФ.

Судебная практика подтверждает подход — например, решение Октябрьского районного суда г. Екатеринбурга от 21.05.2020 по делу № 2-2019/2020 — установлен факт трудовых отношений при фактическом допуске, взысканы средний заработок, компенсация морального вреда, возложена обязанность уплатить страховые взносы и НДФЛ.

https://sudact.ru/regular/doc/P2jf5t4QzKUx/

С уважением!