Или алименты автоматически будут удерживаться через налоговую?

Добрый день, платить алименты нужно со всех ваших доходов, в том числе от самозанятости. Налоговая ничего «автоматом» удерживать не будет. Если будете скрывать доходы, при обнаружении начислят задолженность, пени и могут привлечь к ответственности.

Основание: если алименты установлены в долях (например, 1/4 на 1 ребенка), это доля от всех видов заработка и иного дохода плательщика (ст. 81 СК РФ, Перечень Постановления Правительства РФ № 841). Доход самозанятого — это «иной доход», с него алименты положены.
— ФНС не удерживает алименты. Удержание из зарплаты делает работодатель по исполнительному документу. С доходов как самозанятого вы обязаны перечислять сами (или через приставов, если есть исполнительное производство).
— Приставы и суд могут установить ваши дополнительные доходы:
  — пристав запрашивает банки, ФНС, платёжные системы, видит поступления на счета и блокирует/списывает деньги (229‑ФЗ об исполнительном производстве);
  — суд по запросу бывшей супруги истребует сведения из ФНС/банков;
  — при наличии долга пристав может ограничить выезд и водительские права (ст. 67.1 229‑ФЗ).

Чем грозит «не платить с подработки»:
— Задолженность по алиментам за прошедшее время (обычно до 3 лет назад; если докажут уклонение — за весь период) — ст. 113 СК РФ.
— Неустойка 0,1% в день от суммы долга — ст. 115 СК РФ.
— Административная ответственность за неуплату — КоАП 5.35.1; при повторности/злостности — уголовная (ст. 157 УК РФ).
— Могут поменять способ взыскания на твердую сумму, если вы скрываете доходы или они нерегулярны (ст. 83 СК РФ), что часто выходит дороже.

Узнает ли бывшая супруга
— Прямо от ФНС — вряд ли. Но через приставов/суд — да: по выпискам банков, межведомственным запросам и косвенным признакам поступлений.
— Также она может инициировать проверку у приставов, если заподозрит подработку.