Она сейчас находится за пределами РФ, какую цель визита нужно указывать при въезде в РФ чтобы она законно могла находится со мной в РФ более 90 дней?

Здравствуйте,

имеем ли мы право продлить пребывание в РФ моей супруги на основании моего трудового договора более чем на 90дней ? 

Да, имеете права. При наличии у Вас бессрочного трудового договора, срок ее пребывания как члена Вашей семьи продлевается на год. И так каждый последующий год в силу ст 97 «Договор о Евразийском экономическом союзе» (Подписан в г. Астане 29.05.2014)

5. Срок временного пребывания (проживания) трудящегося государства-члена и членов семьи на территории государства трудоустройства определяется сроком действия трудового или гражданско-правового договора, заключенного трудящимся государства-члена с работодателем или заказчиком работ (услуг).

А также ст 5 ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации» от 25.07.2002 N 115-ФЗ

Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, указанного в абзаце первом настоящего пункта, а также членов его семьи (в случаях, предусмотренных федеральным законом или международными договорами Российской Федерации) в случае заключения им трудового договора или гражданско-правового договора на выполнение работ (оказание услуг) на неопределенный срок продлевается до одного года с даты его въезда в Российскую Федерацию. Указанный срок временного пребывания может быть неоднократно продлен, но не более чем на один год для каждого такого продления.

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_37868/e9d581e7e11d7901295efd89c869ae044dd3d20f/