Без административного нарушения) Или как мне получить от начальства документы?

Да, вы имеете право работать по согласованному графику (9:00–15:00), поскольку начальство подписало вашу просьбу на основании ст. 93 ТК РФ. Его отказ оформить приказ или дополнительное соглашение — это нарушение трудового законодательства.

Что делать?
Письменное требование оформить документы
Напишите заявление (можно в свободной форме) с просьбой издать приказ и заключить допсоглашение к трудовому договору, ссылаясь на уже подписанную вами просьбу и ст. 93 ТК РФ.

Вручите лично под подпись на копии (или отправьте заказным письмом с уведомлением).
Укажите срок для ответа (например, 3–5 рабочих дней).
Жалоба в трудовую инспекцию
Если начальство продолжает отказываться, подайте жалобу в ГИТ (Государственную инспекцию труда). Они обязаны проверить работодателя и заставить его оформить документы.

Можно подать онлайн через онлайн инспекция.рф.
Обращение в суд (если другие способы не помогли)
Если работодатель увольняет вас или не выплачивает зарплату из-за вашего графика, можно обратиться в суд с иском о защите трудовых прав.
Можно ли продолжать работать по графику 9:00–15:00?
  Да, если начальство поставило подпись на вашей просьбе — это подтверждает согласие. Вы не нарушаете закон, так как ст. 93 ТК РФ разрешает сокращенный день по семейным обстоятельствам.

  Но: если работодатель угрожает увольнением или санкциями, фиксируйте все отказы письменно (аудио, письма, свидетели) и обращайтесь в ГИТ.

Вывод
Ваш график уже законен, но нужно официальное оформление. Действуйте через письменные требования и жалобы, если работодатель саботирует процесс. Трудовая инспекция поможет быстро решить этот вопрос.

Если вам пригодился ответ, прошу вас оставить положительный отзыв, с уважением...