Юрий, здравствуйте.
Лишить водительских прав в данной ситуации вряд ли могут, если нет признаков управления незарегистрированным транспортным средством умышленно и без прав. Однако штраф вполне возможен по ч.1 ст.12.1 КоАП РФ — управление незарегистрированным ТС, даже если вы не знали, что старые номера аннулированы. Штраф — от 500 до 800 рублей.
Если в ГИБДД при постановке на учёт вы подавали заявление «без замены номеров», а система выдала виртуальные (электронные) номера, вас должны были проинформировать об этом. Это — ошибка сотрудников.
Рекомендую как можно скорее обратиться в ГИБДД, чтобы прояснить ситуацию и поставить мопед на учёт с реальными номерными знаками. Это позволит избежать дальнейших проблем, особенно при повторной проверке на дороге.
Главное — не доводить до повторного нарушения, иначе по ч.1.1 ст.12.1 КоАП может грозить уже штраф 5000 рублей или лишение прав до 3 месяцев.