Как все сделать правильно чтобы у налоговой не было вопросов?

В пункт выдачи заказов Яндекс Маркета сотрудника лучше оформлять по трудовому договору. Самозанятость в таком случае не подходит, так как пункт выдачи — это не самостоятельная торговая точка, а часть системы маркетплейса. Самозанятый не может работать по договору поручения или агентскому договору, который используется в работе с маркетплейсом. ИП может быть и самозанятым одновременно, но для работы в ПВЗ предпочтительнее оформить сотрудников по трудовому договору.  

Почему не самозанятость:
Не подходит для работы по договору поручения/агентскому договору:
ПВЗ работает по договору с маркетплейсом, а самозанятость не предусматривает такой вид сотрудничества. 
Необходимость соблюдения трудового законодательства:
Работа с ПВЗ требует соблюдения трудовых прав и обязанностей сотрудников, что лучше отражено в трудовом договоре.  
Проблемы с урегулированием споров:
В случае возникновения разногласий, сложно будет использовать самозанятость как основание для урегулирования споров.  
Почему трудовой договор:

Защита прав сотрудников:
Оформление по трудовому договору обеспечивает сотрудникам социальные гарантии, такие как оплачиваемые отпуска, больничные, и т.д. 
Оптимизация расходов на налоги:
ИП с использованием самозанятости может быть выгоднее, но для ПВЗ, где есть сотрудники, трудовой договор более актуален.  

Простота ведения деятельности:
Трудовой договор позволяет более эффективно вести учет и отчетность в ПВЗ.

 
Оформление сотрудника по трудовому договору:
1. Трудовой договор:
Заключить трудовой договор с сотрудником, в котором должны быть прописаны его обязанности, график работы, оплата труда, и другие условия.
2. Приказ о приеме на работу:
Выдать приказ о приеме на работу.
3. Учет рабочего времени:
Вести учет рабочего времени и часов, отработанных сотрудником.
4. Порядок выплаты заработной платы:
Установить порядок выплаты заработной платы и другие условия работы.
5. Социальный пакет:
Предоставить сотруднику социальный пакет, включая оплачиваемые отпуска и больничные.  

Документы для налоговой:

Документы, подтверждающие регистрацию ИП:
Копия свидетельства о государственной регистрации ИП.

Трудовые договоры:
Копии трудовых договоров с сотрудниками.

Приказы о приеме на работу:
Копии приказов о приеме на работу сотрудников.

Учет рабочего времени:
Данные об учетном времени и зарплате сотрудников.

Документы по выплате заработной платы:
Документы, подтверждающие выплаты заработной платы.  

Что делать, чтобы у налоговой не было вопросов:
Вести бухгалтерский учет:
Вести бухгалтерский учет и сдавать отчетность в налоговую.
Своевременно оплачивать налоги:
Оплачивать налоги в срок.
Сохранять все документы:
Сохранять все документы, связанные с деятельностью ПВЗ.
Соблюдать законодательство:
Соблюдать трудовое законодательство и другие законы, касающиеся деятельности ПВЗ.