Имею ли я право на основании нотариальной доверенности от имени супруга на мое имя, написать рапорт на имя командира части для снятия средств с накопительного ипотечного счета?

Да, имеете право, если доверенность оформлена правильно и в ней прямо указано ваше право действовать от имени супруга, включая право на обращение за распоряжением средствами по накопительной ипотеке.

 
Согласно ст. 185 ГК РФ, доверенность — это письменное уполномочие, которое позволяет одному лицу (вашему) действовать от имени другого (вашего супруга). Если в ней прописаны полномочия на подачу рапорта и распоряжение его счетом — вы вправе это сделать.

 
Также стоит проверить внутренние регламенты Минобороны по управлению средствами военной ипотеки, но формально препятствий нет.

 
Буду благодарен за положительный отзыв на мой ответ. С уважением, Константин

Вы не можете самостоятельно написать рапорт командиру воинской части от имени супруга для снятия средств с накопительно-ипотечной системы (НИС), даже имея нотариальную доверенность.

Почему?
НИС — это специальная военная программа, регулируемая ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих» (№ 117-ФЗ).
Рапорт — это официальный документ, который должен подаваться лично военнослужащим или через командование части (если он не может сделать это сам).
Доверенность не дает права подписывать рапорт за супруга, так как:

Военные документы требуют личного участия военнослужащего.
Командир части не примет рапорт от третьего лица, даже с доверенностью.
Что делать?
Супруг должен лично подать рапорт (если он в части).
Если он не может (находится в командировке, на лечении и т. д.) — нужно оформить заверенное ходатайство через его командование.
Если супруг в зоне СВО/не может подписать — возможен вариант с доверенностью, заверенной командиром части (но не нотариусом).

Вывод:
Нотариальная доверенность не заменяет личное обращение военнослужащего по вопросам НИС. Вам нужно:

Уточнить в жилищном органе части порядок действий.
Если супруг не может лично подать рапорт — запросить официальный механизм через командование.
Рекомендация: Обратитесь в военную прокуратуру или юридическую службу части, если вам отказывают без объяснения причин.