Что лелать, чтобы этого не случилось, но при этом сдавать 3 квартиры как самозанятый?

Важно, что бы доход не превышал установленный законом размер. Иначе придется оформить ИП

Согласна с ответом коллеги выше на ваш дополнительный вопрос, о том что нет запрета, ограничивающий количество единиц недвижимости, сдаваемой в аренду. Законодательство не содержит таких условий и требования налоговой в этой части будут не законны и не обоснованны.Главное  доход в качестве самозанятого не должен превышать 2,4 млн рублей в год.

Вам в помощь письмо ФНС  от 10.03.2021 № СД-19-11/143.

Вместе с тем самого по себе факта совершения гражданином возмездных сделок недостаточно для признания его предпринимателем, если совершаемые сделки не образуют деятельности. Учитывая, что признаки предпринимательской деятельности носят оценочный характер, квалифицировать в соответствии с ними деятельность физического лица по сдаче в аренду собственного имущества возможно только при наличии полной и исчерпывающей информации обо всех обстоятельствах его деятельности.
При этом согласно Постановлению Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 18.11.2004 N 23 «О судебной практике по делам о незаконном предпринимательстве» в тех случаях, когда не зарегистрированное в качестве индивидуального предпринимателя лицо приобрело для личных нужд жилое помещение или иное недвижимое имущество либо получило его по наследству или по договору дарения, но в связи с отсутствием необходимости в использовании этого имущества временно сдало его в аренду или внаем и в результате такой гражданско-правовой сделки получило доход (в том числе в крупном или особо крупном размере), содеянное им не влечет уголовной ответственности за незаконное предпринимательство.

Если вы бы сдавали коммерческую недвижимость и получали систематический доход, то в данном случае , вам бы потребовалось иметь статус ИП. И даже в этом случае, должны совпасть несколько признаков для необходимости регистрации ИП, т.е. разовая  сдача или продажа  коммерческой недвижимости само по себе не обязывает иметь статус ИП.