Документы подтверждают мои диагнозы, смогут ли меня комиссовать?

В Вашем случае есть основания для Вашего увольнения с военной службы.

Но это возможно после завершения лечения и проведения ВВК.

Заключение о категории годности выносится при определившимся врачебно-экспертном исходе, под которым понимается состояние при котором последующее лечение не повлияет на изменение категории годности.

С указанным Вами заболеванием вполне возможно освидетельствовать Вас по п. в ст. 66 Расписания болезней, 

К пункту «в» относятся:
ограниченный деформирующий спондилез (поражение тел до 3 позвонков) и межпозвонковый остеохондроз (поражение до 3 межпозвонковых дисков) с болевым синдромом при значительных физических нагрузках и четкими анатомическими признаками деформаций;

Что допускает установление категории годности В — ограниченно годен к военной службе.

В этом случае Вы подлежите безусловному увольнению с военной службы в силу п. 1 ст. 51 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе».

По выписке из госпиталя на основании данных о проведенном лечении и поставленном диагнозе, подаете рапорт на проведение ВВК.

С учетом результатов ее проведения и полученного заключения с категорией В — Вы должны быть уволены с военной службы. 

В Вашем случае возможна постановка на ВВК категории В — ограниченно годен к военной службе, учитывая один из Ваших диагнозов — киста головного мозга. В статье 23 расписания болезней — приложения к Положению о ВВЭ есть такие пояснения:

К пункту «в» относятся медленно прогрессирующие болезни нервной системы, когда объективные признаки заболевания выражены в незначительной степени или когда симптомы заболевания длительно сохраняются в одном и том же состоянии, доброкачественные новообразования головного и спинного мозга, не требующие хирургического лечения и не нарушающие функции нервной системы.

Это предполагает постановку категории В, с которой должны уволить со срочной службы по призыву.