Можете написать возражения Рег.оператору, предъявившему доначисления задним числом, о несогласии с предъявленным требованием, в т.ч. по мотиву пропуска срока давности на основании ст.ст. 196, 199 ГК РФ.
Но исковая давность по правилам ст. 199 ГК РФ применяется судом при рассмотрении спора уже в порядке искового производства.
Согласно п. 1 и п. 2 ст. 199 ГК РФ
Требование о защите нарушенного права принимается к рассмотрению судом независимо от истечения срока исковой давности.
2. Исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения.
Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в иске.
В любом случае возражения следует направить рег.оператору, т.к. при неисполнении требования он будет вправе обратиться в суд за взысканием, и у Вас как Ответчика по делу будет уже иметься доказательство о наличии аргументированных возражений против заявленных требований.