Здравствуйте!
Если Вы работали неофициально, то и любая недостача — это проблемы руководителя. Он нарушил законодательство Российской Федерации, он и должен нести ответственность. Советую Вам в письменном виде обратиться к работодателю с претензией и потребовать расчет. В конце претензии написать: в случае неудовлетворения или игнорирования моей претензии буду вынуждена обращаться в суд, Трудовую инспекцию и в прокуратуру за защитой своих прав.
Как правило, на этом этапе работодатель все-таки вынужден будет оплатить все то, что «забыл» оплатить. Если же нет, обращайтесь в Трудовую инспекцию, в прокуратуру и в суд. Желательно, запастись свидетельскими показаниями, аудио- видео-записями (желательно, но не обязательно), Вы можете даже просто описать свой распорядок дня и какие-то факты из трудовой деятельности и т.д.
Трудовые отношения между работником и работодателем возникают либо с момента заключения трудового договора, либо при фактическом допуске к работе с ведома или по поручению работодателя (ст. 16 ТК РФ).
Ст. 5.27 КоАП РФ п. 4. Уклонение от оформления или ненадлежащее оформление трудового договора либо заключение гражданско-правового договора, фактически регулирующего трудовые отношения между работником и работодателем, — влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, — от пяти тысяч до десяти тысяч рублей; на юридических лиц — от пятидесяти тысяч до ста тысяч рублей.
Вы не работали официально, Вы не были материально ответственным лицом — Вы ни за какие товарно-материальные ценности/деньги не отвечаете. Работодатель просто злоупотребляет своими правами и обязанностями.