У нас после отпуска возвращался мастер, с которым мы вместе занимаемся ремонтом квартир (уроженец Таджикистана, и возвращался оттуда же)

Данила, добрый день!
Поскольку в посольстве РФ сообщили, что официальный ответ будет предоставлен через 90 дней, попробуйте подать письменный запрос на получение информации о причинах депортации. Это будет быстрее. Если будут известны причины депортации, возможно, их можно будет оспорить в судебном порядке. Попробуйте обратиться в миграционные службы в России, они должны дать информацию и разъяснения по поводу депортации.

Это огромный срок для нашей фирмы, поскольку данный мастер ключевой сотрудник. Однако, работаем мы с ним неофициально.

 Здравствуйте.

Учитывая, что Вы сами сказали о неофициальности работы, с Вашей стороны ничего узнать Вы не сможете. Но в целом можно сказать следующее:

Все ситуации, из-за которых иностранцу могут запретить въезд в РФ, определены в ст. 27 закона «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию».

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_11376/487ed23b6c4844a759ab5ed7121a4e7d4d950b12/

Среди возможных причин например такие:

9) иностранный гражданин или лицо без гражданства использовали подложные документы;

10) иностранный гражданин или лицо без гражданства в период своего предыдущего пребывания в Российской Федерации уклонились от уплаты налога или административного штрафа либо не возместили расходы, связанные с административным выдворением за пределы Российской Федерации либо депортацией, — до осуществления соответствующих выплат в полном объеме. Порядок погашения иностранными гражданами и лицами без гражданства такой задолженности определяется Правительством Российской Федерации;

Также запрещают въезд иностранцам, которых минимум дважды за год привлекали в России к административной ответственности за правонарушения, которые посягают на общественный порядок и безопасность.

Судя по тому, что запрет применен на 3 года, вероятнее всего речь идет о нарушении правила 90/180 на срок до 30 суток или оно нарушалось 90 суток суммарно в течение каждого периода в 180 дней. Еще вариант для трехлетнего запрета — сообщение ложных сведений о себе или цели приезда. 

Он может обратиться с запросом в ГУ УВМ МВД РФ. Отправить запрос можно почтой или через сайт. Например, у МВД РФ на сайте есть специальная форма для обращений. Строгих требований к форме запроса нет, но следует помимо своих установочных данных указать, что он не знает причину запрета на въезд, не видит явных оснований для этого и хочет их узнать, никаких противоправных действий в РФ не совершал и не угрожал безопасности страны.

Ответ будет дан в течение 30 дней с момента обращения.

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.
  

Здравствуйте,

Исчерпывающий перечень основания для запрета на въезд в РФ содержится в ст 27 ФЗ  «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» от 15.08.1996 N 114-ФЗ

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_11376/487ed23b6c4844a759ab5ed7121a4e7d4d950b12/

Сейчас гадать по какой причине ему закрыли въезд — бессмысленно. Тем более Вы стороннее лицо, и возможно, не сможете пояснить всю ситуацию по всем срокам его выезда/въезда, по ситуации с пациентом и т.д. 

Основываться нужно на официальной информации, которую он может получить по его запроса от Консульства РФ ( запрос им отправлен), либо путем обращения в МВД РФ по вопросам миграции ( сделать это он может онлайн)

https://xn--b1aew.xn--p1ai/request_main

Либо в Консульстве РФ сделать доверенность на представителя в РФ, который сможет от его имени обратиться в МВД и получить всю информацию. В случае необходимости, запрет на въезд можно будет обжаловать, если в доверенности также указать полномочия на это