Подскажите правомерно ли поступает работодатель и учебное заведение?

Отказ работодателя в приёме справки-вызова для второго учебного отпуска из-за отсутствия справки-подтверждения за прошлую сессию неправомерен. 

Учебный отпуск предоставляется на основании справки-вызова, которой достаточно для получения всех соответствующих гарантий и компенсаций. Обязательное предоставление справки-подтверждения после окончания учебного отпуска законодательством не предусмотрено. 

Продолжительность учебного отпуска определяется перед его началом на основании дат, проставленных в справке-вызове, а не в справке-подтверждении. Производить удержания сумм оплаченного учебного отпуска при отсутствии справки-подтверждения работодатель не вправе. 

Таким образом, в описанной ситуации работодатель обязан оформить второй учебный отпуск на основании предоставленной справки-вызова. 

Наличие задолженности не является основанием для отказа в выдаче учебным заведением справки об обучении.
Обратитесь обязательно с письменным заявлением в деканат учебного заведения в 2-х экземплярах, на вашем требуйте поставить отметку о принятии с подписью и печатью. Укажите, что если справку в течение 3-х дней не предоставят вы пожалуетесь в прокуратуру и Минобрнауки.