Здравствуйте.
1. Передача прав в любом случае должна происходить посредством заключения соглашения об этом. А вот какое именно соглашение (с точки зрения его содержания), какие дополнительные меры необходимы — зависит от фактических обстоятельств (что за мобильные приложения, какие доказательства их принадлежности есть у сторон, есть ли какие-то элементы приложений, которые регистрировались, например, в виде дизайна или названия, было ли депонирование и пр.).
Опять же, в самых общих деталях скажу, что само по себе ПО как правило приранивается к произведению.
Статья 1261 говорит, что
авторские права на все виды программ для ЭВМ (в том числе на операционные системы и программные комплексы), которые могут быть выражены на любом языке и в любой форме, включая исходный текст и объектный код, охраняются так же, как авторские права на произведения литературы. Программой для ЭВМ является представленная в объективной форме совокупность данных и команд, предназначенных для функционирования ЭВМ и других компьютерных устройств в целях получения определенного результата, включая подготовительные материалы, полученные в ходе разработки программы для ЭВМ, и порождаемые ею аудиовизуальные отображения.
В практике встречаются и другие позиции (некоторые ПО предстают как «сложные объекты»).
2. Если никаких особых обстоятельств нет, Вы можете сейчас просто заключить соглашение о передаче всех исключительных прав (или лицензионный договор) на ПО. В отношении соглашения действует общий принцип свободы договора.
Граждане и юридические лица свободны в заключении договора.
Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).
Статья 421 ГК РФ.
А потому Вы сами решаете, в каком объеме передаются права, какие меры ответственности, права и обязанности предусматриваются.