Через пять лет подписывается дополнительное соглашение с физическим лицом другим, не являющимся генеральным директором ООО с кем подписан договор

Добрый день.

Договор заключен между двумя фирмами ООО и ООО.

 Если отношения возникли между ЮЛ по договору, то и изменять его вправе представители этих ЮЛ.

Будет ли иметь дополнительное соглашение юридическую силу, если все подписали это доп

 Кто все? Какое отношение имеют к первоначальному договору эти лица, которые в настоящее время хотят заключить допник?

По общему правилу соглашение об изменении договора надо составлять в той же форме, что и договор (п. 1 ст. 452 ГК РФ). Т.Е. теми же лицами. 

Соответственно, если договор был нотариально удостоверен, то и дополнительное соглашение к нему надо удостоверить у нотариуса.