Добрый день.
Могу ли я заключить договор на передачу неисключительных прав на программное обеспечение с компанией?
Такое возможно.
Ваше право на веб программу возникло с момента ее создания. Зафиксируйте это любым удобным способом.
В силу норм ст. 1259 ГК РФ
К объектам авторских прав также относятся программы для ЭВМ, которые охраняются как литературные произведения.
Авторские права распространяются как на обнародованные, так и на необнародованные произведения, выраженные в какой-либо объективной форме, в том числе в письменной, устной форме (в виде публичного произнесения, публичного исполнения и иной подобной форме), в форме изображения, в форме звуко- или видеозаписи, в объемно-пространственной форме.
Для возникновения, осуществления и защиты авторских прав не требуется регистрация произведения или соблюдение каких-либо иных формальностей.
В отношении программ для ЭВМ и баз данных возможна регистрация, осуществляемая по желанию правообладателя в соответствии с правилами статьи 1262 настоящего Кодекса.
Таким образом ПО охраняется как любое произведение.
Поэтому для возникновения в отношении его права у Вас достаточно факта его создания в любой объективной форме в результате творческих усилий.
Поскольку программа создавалась Вами самостоятельно, то передача исключительного права на нее организации возможна на основании договора отчуждения.