Можно ли как-то сократить получившийся долг либо уплатить его частями?

Добрый день!

Работодателю следует учитывать, что при изменении налогового резидентства сотрудники должны платить налоги по правилам страны, где они фактически работают. Вы уехали в Кыргызстан и перестали быть налоговым резидентом РФ, поэтому налоги на доходы, полученные после вашей отъезда, должны рассчитываться по ставке 13% (для резидентов России) или 30% (для нерезидентов) только в том случае, если вы продолжаете получать доходы из РФ.

Если работодателю действительно нужно пересчитать налоги за период, когда вы были резидентом, то он не может применять повышенную ставку 30% к заработной плате, полученной в результате удаленной работы после вашего отъезда.