Здравствуйте, Маргарита.
В этой ситуации важно не нарушить не только закон 44-ФЗ, но и бюджетное законодательство.
Во-первых, согласно ст. 38 Бюджетного кодекса установлен принцип целевого использования бюджетных средств. Согласно ст. 162 БК РФ получатель бюджетных средств обеспечивает результативность, целевой характер использования предусмотренных ему бюджетных ассигнований.
Использование бюджетных средств не на те цели, на которые они выделены, может быть квалифицировано как нецелевое использование (ст. 306.4 БК РФ).
Поэтому, в первую очередь нужно определить соответствует ли дополнительные расходы целям, на которые эти средства предоставлены.
Во-вторых, что касается закупок по закону 44-ФЗ, то согласно п. 4 ч. 1 ст. 93 допускается закупка прямым договором до 600 тыс. руб. по одному контракту. Вы можете заключить два таких контракта. Но если надзорные органы установят, что таким образом разделен единый предмет закупки, то такие контракты могут признать недействительными.
Также в вашей ситуации, если есть необходимость выполнить дополнительные работы в рамках контракта на капремонт, можно рассмотреть возможность изменения контракта на капитальный ремонт с увеличением цены контракта не более чем на 10 % согласно ст. 95 закона 44-ФЗ.