Здравствуйте!
Да, в случае поступления в ВУЗ в год окончания бакалавриата Вы сможете взять отсрочку по обучению в магистратуре, согласно статьи 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» отсрочка предоставляется:
программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.
И далее указано, что
Предусмотренная настоящим подпунктом отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданину только один раз, за исключением одного из случаев, если:
первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацем седьмым настоящего подпункта, гражданин повторно может воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии с абзацем девятым настоящего подпункта.
Абзац седьмой — это отсрочка по обучению в бакалавриате, абзац девятый — по обучению в магистратуре.
Тот факт что Вы были отчислены и брали академический отпуск на отсрочку, предоставляемую по обучению в магистратуре, значения иметь не будет. Главное — окончание обучение в бакалавриате и поступление в тот же год в магистратуру.
Таким образом, даже если Вы ранее воспользовались отсрочкой по обучению в бакалавриате, то право на получения отсрочки в магистратуре у Вас есть. Для этого необходимо предоставить в военкомат справку об обучении (согласно пункта 17.4 Положение о призыве на военную службу, утвержденного постановлением Правительства РФ от 11 ноября 2006 г. N 663 «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации»).
Далее после того, как призывная комиссия рассмотрит поданные Вами документы будет вынесено соответствующее решение.