А командир посчитал что это не законно и подал в соч и что мне теперь не заплатят за эти месяцы нахождения.?

Здравствуйте                                           

В данном случае, с правовой точки зрения действия командира части незаконные.                

Таким образом, с юридической точки зрения Вам необходимо незамедлительно направить жалобу в простой письменной форме в Прокуратуру, для проведения проверки в отношении командира за незаконные действия, превышение полномочий,  самоуправство и привлечение к ответственности (ст.10 ФЗ «О прокуратуре РФ» от 17.01.1992 N 2202-1).

*При необходимости можете обратиться к любому из юристов портала для содействия, защиты и подготовке правовых документов (ст.779 ГК РФ «оказание юр.услуг»).

Всего доброго Вам! 

Рад был помочь! 

Здравствуйте, Дмитрий!

 Обращайтесь с жалобой в прокуратуру.

Согласно ст. 10 закона «О прокуратуре РФ» поступающие в органы прокуратуры заявления и жалобы, иные обращения, рассматриваются в порядке и в сроки, установленные федеральным законодательством. Ответ на заявление, жалобу и иное обращение должен быть мотивированным, а если в удовлетворении заявления или жалобы отказано, заявителю должны быть разъяснены порядок обжалования принятого решения, а также право обращения в суд, если таковое предусмотрено законом; при этом запрещается пересылка жалобы в орган или должностному лицу, решения либо действия которых обжалуются.

Я могу вам написать такую жалобу в прокуратуру, услуга платная.