P.s.: в данный момент меня зачислили в списки на получение отсрочки, тк есть оконченное высшее

Кирилл, здравствуйте.

Правильно ли понимаю, что если я сейчас закончу магистратуру, то я потеряю отсрочку по it, тк данная специальность не входит в перечень?

 Нет, отсрочку Вы не потеряете, поскольку имеете образование по специальности 09.03.01, которая как раз включена в перечень, утвержденный

Постановление Правительства РФ от 28.03.2022 N 490
«Об утверждении Правил предоставления права на получение отсрочки от призыва на военную службу гражданам Российской Федерации, работающим в аккредитованных организациях, осуществляющих деятельность в области информационных технологий»

Информатика и вычислительная техника
09.03.01 или 09.04.01

Соответственно с этим поскольку у Вас есть высшее образование по соответствующей специальности, даже по завершении обучения в магистратуре Вы сохраняете за собой право на получение отсрочки от призыва, поскольку полностью соответствуете требованиям ее получения.

Тут уровень образования (магистратура или бакалавриат) для целей ее получения значения не имеют.

Главные условия ее получения

— наличие высшего образования по соответствующей специальности (оно у Вас есть)

— работа по трудовому договору на условиях полного рабочего дня

— работа в течении 11 месяцев, предшествующих началу призыва (или без требования к сроку сразу в течении года после окончания вуза)

— своевременная подача списков на отсрочку.

Всем этим условиям Вы соответствуете, что дает Вам право на ее сохранение после окончания магистратуры.