Можем ли мы отказаться от их рекомендаций и сохранить своё штатное расписание?

С учётом моего ответа выше далее:

штатного расписания, муниципалитет поддерживает но приказов и постановлений нет. Можем ли мы отказаться от их рекомендаций и сохранить своё штатное расписание?

Если речь идёт об образовательной организации, она обладает самостоятельностью  и правами закрепленными за ней федеральным законом.

Общие положения закрепляет Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации»  и его Статья 28. Компетенция, права, обязанности и ответственность образовательной организации, можете ознакомиться полностью по следующей ссылке:https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_140174/552097cad5942f36c9484dbde7ebf92db1f783f3/

Из статьи следует:

1.Образовательная организация обладает автономией, под которой понимается самостоятельность в осуществлении образовательной, научной, административной, финансово-экономической деятельности, разработке и принятии локальных нормативных актов в соответствии с настоящим Федеральным законом, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации и уставом образовательной организации.

3. К компетенции образовательной организации в установленной сфере деятельности относятся:

 4) установление штатного расписания, если иное не установлено нормативными правовыми актами Российской Федерации;

Т.е. да можете.

Свои  уточнения Вы также можете писать мне в личный чат, пройдя по ссылке на мой личный профиль:https://pravoved.ru/lawyer/798541/

нажав кнопку «Общаться в чате».

.