Владимир!
В таком случае вопросы должны решаться по правилам Положения о военно-врачебной экспертизе, утверждённого Постановлением Правительства РФ №565 от 4.07.13, а в нём сказано так:
60. Заключение о необходимости предоставления военнослужащему отпуска по болезни или освобождения от исполнения обязанностей военной службы (далее — освобождение) выносится в случаях, когда расписанием болезней предусматривается временная негодность к военной службе.
Кроме того, есть Положение о прядке прохождения военной службы, утверждённое Указом Президента РФ №1237 от 16.09.99, в статье 31 которого сказано так:
7. Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на основании заключения военно-врачебной комиссии в соответствии с Положением о военно-врачебной экспертизе.
Отпуск по болезни предоставляется военнослужащему на срок от 30 до 60 суток.
Таким образом, обязательным условием для того, чтобы претендовать на отпуск по болезни, должно быть решение ВВК признать военнослужащего временно не годным к военной службе.
Если такое решение ВВК будет принято, командир не может отказать в предоставлении отпуска по болезни, соответствющий приказ должен быть издан.
Аналогичным образом решаются и вопросы реабилитации после прохождения лечения.
Направление военнослужащих на медицинское освидетельствование для определения категории годности к военной службе производится в соответствии с положениями Инструкции об организации направления военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации, граждан, проходящих военные сборы по линии Вооруженных Сил Российской Федерации, на медицинское освидетельствование, утверждённой Приказом Министра обороны РФ от 15 февраля 2016 г. N 55.
Военкомат по месту Вашего нахождения может направить Вас на ВВК только в том случае, если Вы находитесь в отпуске по болезни. Если отпуск Вам был предоставлен не по болезни, вопрос о направлении на ВВК должен решаться командиром части.
Кроме того, согласно Положению о порядке прохождения военной службы, утверждённому Указом Президента РФ №1237 от 16.09.99 отпуск военнослужащему может быть продлён (ст. 29):
18. Военнослужащим, заболевшим во время основного или дополнительного отпуска, кроме отпуска по личным обстоятельствам, основной или дополнительный отпуск продлевается на соответствующее количество дней болезни. Продление отпуска в этом случае осуществляется командиром воинской части на основании справки из лечебного учреждения.
Если состояние Вашего здоровья не позволяет прибыть в часть как это указывает командир, надо просить продлить отпуск, но вряд ли на всё время реабилитации, а пока не будете в состоянии выехать в часть. Тогда придётся ехать и там решать вопросы прохождения ВВК, где и будет принято решение о категории годности и возможности продолжать военную службу (с учётом всех имеющихся документов о заболевании).
При необходимости военнослужащий может и должен обращаться в военную прокуратуру, если его права нарушаются.
В соответствии с положениями ФЗ «О статусе военнослужащих» №76-ФЗ от 27.05.98 военнослужащий может обращаться в гражданскую больницу только если рядом нет военного госпиталя или в срочных случаях, когда требуется экстренное вмешательство врачей. По факту Вы уже обратились и уже есть медицинские документы о фактическом состоянии здоровья, их не могут игнорировать в любом случае.