Примет ли суд тайную видеозапись передачи рапорта в качестве доказательства?

Если дело дойдет до суда, то конечно Вы вправе будете ссылаться и на видео записи и иные документы, подтверждающие бездействие командования по определению Вам служебных обязанностей с учетом Вашего здоровья, но встанет вопрос, почему в таком случае Вы убыв с Токмака не прибыли в ППД части а находились все это время по месту жительства (если это так).

При этом, если речь об уголовном процессе, то в силу ст. 74 УПК РФ

 В качестве доказательств допускаются:

 
1) показания подозреваемого, обвиняемого;

 
2) показания потерпевшего, свидетеля;

 
3) заключение и показания эксперта;

 
3.1) заключение и показания специалиста;

4) вещественные доказательства;

 
5) протоколы следственных и судебных действий;

 
6) иные документы.

Правда тут возможны возражения, что Вы не вправе были иметь при себе смартфон.

В силу Закона о статусе военнослужащих № 76-фз от 1998 года

При исполнении обязанностей военной службы, предусмотренных подпунктами «а», «в», «г», «е», «к», «о» и «п» пункта 1 статьи 37 Федерального закона от 28 марта 1998 года N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», военнослужащим и гражданам, призванным на военные сборы,запрещается иметь при себе электронные изделия (приборы, технические средства) бытового назначения (далее — электронные изделия), в которых могут храниться или которые позволяют с использованием информационно-телекоммуникационной сети «Интернет» распространять или предоставлять аудио-, фото-, видеоматериалы и данные геолокации.

и следовательно записи сделанные им не могут быть приняты в качестве доказательства как полученные с нарушением закона.

И вообще, что будет далее теперь?

 Скорее всего материалы в отношении Вас будут переданы в военно  -следственный отдел, который будет решать вопрос о возбуждении уголовного дела в отношении Вас по ст. 337 УК РФ