Суть в том что муж мне не даёт нашего 2х летнего сына, сам он военный, вообще на каком основании он не на службе

Вы вправе обратиться в прокуратуру гарнизона с описанием в свободной форм е проблему и просить прокурора в частности вынести акт прокурорского реагирования.

В соответствии с Законом о прокуратуре РФ  от 17.01.1992 N 2202-1 (ст. 24)

 Представление об устранении нарушений закона вносится прокурором или его заместителем в орган или должностному лицу, которые полномочны устранить допущенные нарушения,и подлежит безотлагательному рассмотрению.
В течение месяца со дня внесения представления должны быть приняты конкретные меры по устранению допущенных нарушений закона, их причин и условий, им способствующих; о результатах принятых мер должно быть сообщено прокурору в письменной форме.

При этом, если при  рассмотрении Вашего обращения будут установлены признаки престьупления, то прокурор должен будет направить материалы в следственный орган для решения вопроса об уголовном преследовании на оснвоании ст. 37 УПК РФ

2. В ходе досудебного производства по уголовному делу прокурор уполномочен:

…
2) выносить мотивированное постановление онаправлении соответствующих материалов в следственный орган или орган дознания для решения вопроса об уголовном преследовании по фактам выявленных прокурором нарушений уголовного законодательства;

на каком основании он не на службе уже длительный срок

 Вот прокуратура это проверит и вынесет представление командиру и направит материалы в следственный отдел, если он отсутствовал на службе без законных оснований более 2 суток (ст. 337 УК РФ)

нашего 2х летнего сына, сам он военный, вообще на каком основании он не на службе уже длительный срок, а если и бывает то ездит с ребенком ненадолго,

 на этот вопрос сложно ответить. 

В армии есть должности при замещении которых военнослужащий почти все время на службе, а есть должности, на которых у военнослужащих мало обязанностей и потому они могут себе позволить по своему желанию покидать место службы. Кроме того, выход с территории части у офицеров и контрактников часто свободный если нет прямого запрета командования.

вы проживаете раздельно?

СК РФ Статья 66. Осуществление родительских прав родителем, проживающим отдельно от ребенка
 1. Родитель, проживающий отдельно от ребенка, имеет права на общение с ребенком, участие в его воспитании и решении вопросов получения ребенком образования.

 Родитель, с которым проживает ребенок, не должен препятствовать общению ребенка с другим родителем, если такое общение не причиняет вред физическому и психическому здоровью ребенка, его нравственному развитию.

Если вы не проживаете вместо или в разводе, вам необходимо обратиться в суд для определения места проживания ребенка.  Второй родитель имеет право общения с ребенком.

График  общения определяется в решении суда.

Дело рассматривает районный суд.

С учетом возраста и потребностей ребенка, вероятнее определят место проживания с матерью.