Здравствуйте, Олег!
Регистрация по месту жительства ни в каком случае не происходит «автоматически», для этого, как минимум, необходимо подать заявление.
Просто есть случаи, когда для такой регистрации требуется согласие собственника жилого помещения, или согласие наймодателя, нанимателя, членов семьи нанимателя, а есть случаи, когда такое согласие не требуется.
Не требуется ничьего согласия на регистрацию по месту жительства ребенка до 18 лет, если регистрация производится по адресу регистрации его родителей (одного из них).
Если пасынок не является Вашему сыну ребенком юридически (он его не усыновлял, не признавал отцовство), то беспокоиться Вам не о чем.
Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).