Федор, добрый день!
Если каждому помещению присвоен свой кадастровый номер, то лучше продавать как ИП, применив УСН доходы. Иначе ФНС рассмотрит такую сделку (сделки) как сделку в рамках осуществления предпринимательской деятельности со всеми вытекающими отсюда последствиями: взыскание НДС, пени, штрафа.
В общем случае ставка УСН доходы составляет 6%. Рассчитывать налог от кадастровой стоимости при уплате налога по УСН не нужно.
Если помещения не отдельные объекты недвижимости с присвоенными им кадастровыми номерами, то можете продать нежилое помещение как один объект, уплатив НДФЛ 13%, если срок для освобождения от уплаты налога не настал, применив налоговый вычет в размере 250 тыс. рублей либо уменьшив на расходы по приобретению помещения. Если такой срок настал: 3 года (в случае дарения, наследования) или 5 лет (в случае покупки) — п. 17.1 ст. 217, ст. 217.1 НК РФ, то налог не платите.
В тоже время, если Вы использовали помещение в предпринимательской деятельности, то ни вычетом, ни правом не платить НДФЛ воспользоваться не сможете (пп. 4 п. 2 ст. 220, абз. 4 п. 17.1 ст. 217 НК РФ).
Также в случае с НДФЛ следует учитывать кадастровую стоимость помещения: если договорная стоимость ниже 70% кадастровой стоимости, то налог исчисляется из 70% кадастровой стоимости помещения за минусом вычета либо расходов по приобретению помещения.