Есть ли нарушение наших прав при использовании заказчиком оплаченных эскизов?

Тогда никакого спора быть тут не может. 

Согласно ст 779 гк — услуги оказываются по заданию заказчика. Задание вы исполнили, он его оплатил полностью. 

Дальше тут спора нет никакого. 

Разве что на будущее вы хотите что то менять в договоре. 

Судя по предмету у Вас договор подряда, а не договор возмездного оказания услуг.

Вам не стоило соглашаться на формулировку 2.3.2, если бы не согласились можно было требовать: " возместить подрядчику убытки, причиненные прекращением договора подряда, в пределах разницы между ценой, определенной за всю работу, и частью цены, выплаченной за выполненную работу."

Статья 717. Отказ заказчика от исполнения договора подряда

Если иное не предусмотрено договором подряда, заказчик может в любое время до сдачи ему результата работы отказаться от исполнения договора, уплатив подрядчику часть установленной цены пропорционально части работы, выполненной до получения извещения об отказе заказчика от исполнения договора. Заказчик также обязан возместить подрядчику убытки, причиненные прекращением договора подряда, в пределах разницы между ценой, определенной за всю работу, и частью цены, выплаченной за выполненную работу.

На будущее на  2.3.2 не нужно соглашаться + увеличить стоимость первого этапа либо установить общую цену за договор. По сути заказчик воспользовался разделением работ на этапы и низкой стоимостью первого этапа. 

На данный момент заказчик поступил в соответствии с условиями договора, оплатил первый этап и оказался от второго, его действия являются законными.

Мы сделали эскизы для художественной росписи, а потом заказчик сделал саму роспись без нас – с другими художниками.

Договор у Вас, по сути, смешанный, и в части создания росписи (самого рисунка, эскиза) — это договор на создание произведения изобразительного искусства по заказу.

А исключительные права на такое произведение принадлежат Заказчику:

Статья 1296 ГК РФ Произведения, созданные по заказу

1. Исключительное право на программу для ЭВМ, базу данных или иное произведение, созданные по договору, предметом которого было создание такого произведения (по заказу), принадлежит заказчику, если договором между подрядчиком (исполнителем) и заказчиком не предусмотрено иное.

В договоре у Вас иное не предусмотрено.

Единственное, что указано — это :

Результаты труда полученные в результате взаимодействия по договору защищаются авторским правом. Запрещается любое копирование, дублирование, дизайнерские доработки и вариации на основе без разрешения Исполнителя. А также использование в рекламных материалах, промо, полиграфии, печатных изданиях (кроме новостных). 

Либо это может быть договор авторского заказа — если договор заключается с самим автором росписи и он её в дальнейшем создаёт:

Статья 1288 ГК РФ Договор авторского заказа

1. По договору авторского заказа одна сторона (автор) обязуется по заказу другой стороны (заказчика) создать обусловленное договором произведение науки, литературы или искусства на материальном носителе или в иной форме.

Но и в этом случае Заказчик сможет использовать результат.