Какие последствия наступаю для Заказчика

Здравствуйте.

В данном случае следует руководствоваться Приказом Минфина России от 04.06.2018 N 126н  «Об условиях допуска товаров, происходящих из иностранного государства или группы иностранных государств, для целей осуществления закупок товаров для обеспечения государственных и муниципальных нужд», документ доступен по ссылке:

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_309634/

Правильно ли я понимаю, что Применение Приказа Минфина №126 наступает на этапе направления контракта Победителю

Правильно понимаете.Тем более заказчик указал в протоколе подведения итогов цену с учетом вышеуказанного приказа.При наличии оснований, указанных в данном нормативно-правовом акте, цена снижается на 15 процентов или 20 процентов ( в зависимости от вида товара, они указаны в приложении № 1 и № 2 к данному приказу № 126 н). Заказчик должен это учитывать на этапе составления и направления проекта контракта победителю закупки.

Что можно сделать в такой ситуации, куда подать жалобу на Заказчика, можно ли отменить аукцион.

В данном случае у Победителя закупки есть право направления Заказчику протокола разногласий согласно ст.51 Федерального закона от 05.04.2013 N 44-ФЗ  «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» 

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_144624/736577af29235547dee97f91d9593dae269c6fe9/

Если все же контракт будет заключен с нарушением, то за нарушение порядка заключения, изменения контракта может наступить административная ответственность по ст.7.32 КоАП РФ, если будет подана соответствующая жалоба  

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_34661/39b9a5ddab09a0a0fcb396d932d8b0c1e10e6c4d/