Нужно ли платить НДФЛ при продаже квартиры по ДДУ с указанными сроками владения?

то, что существует ипотечный договор в данном случае несущественно? главное, что полностью оплачен договор долевого участия?

Все верно. Ипотечный договор — это ваши отношения с банком, а оплата по ДДУ это именно момент внесения денег (пускай даже это сделали не вы, а банк за вас). 

Так, согласно ч. 2 ст. 217.1 НК РФ 

В целях настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, приобретенных налогоплательщикомпо договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством), по договору об участии в жилищно-строительном кооперативе, минимальный предельный срок владения таким жилым помещением или долей (долями) в нем исчисляется с даты полной оплаты стоимости такого жилого помещения или доли (долей) в нем в соответствии с соответствующим договором, в которой для указанных целей не учитывается дополнительная оплата в связи с увеличением площади указанного жилого помещения после ввода в эксплуатацию соответствующего объекта строительства. 

То, каким образом была оплата по договору участия в долевом строительстве, с помощью личных собственных средств, или с помощью заемных средств, как в Вашем случае, для целей  опрелеления минимального предельного срок владения значение не имеет, главное обстоятельство полной оплаты стоимости такого жилого помещения в соответствии с договором. 

Согласно ч. 2 ст. 217.1 НК РФ   доходы освобождаются от налогообложения, которые были получены налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества,  при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

Поэтому, на основании этого обязанность по уплате НДФЛ не возникает.