Может ли это как то в кассации повлиять на изменение либо отмену приговора?

Добрый день. Если во всех протоколах судебных заседаний указаны разные номера уголовного дела, то данное обстоятельство может свидетельствовать о наличии ошибки при его оформлении, не более. Однако, необходимо учитывать также и другие обстоятельства, например, может быть, что в протоколах заседаний указываются номера дел со ссылкой на разные стадии процесса.

Для более точного изучения необходимо ознакомиться с другими документами, связанными с данным уголовным делом, такими как: обвинительным актом, решением о возбуждении уголовного дела и т.д. Если выявится, что указание разных номеров — это существенное нарушение оформления протокола, то это может повлиять на решение суда по делу, но не отменить приговор.

Основаниями отмены или изменения судебного решения являются:

1) несоответствие выводов суда, изложенных в приговоре, фактическим обстоятельствам уголовного дела, установленным судом первой инстанции;

2) существенное нарушение уголовно-процессуального закона;

3) неправильное применение уголовного закона;

4) несправедливость приговора;

5) выявление обстоятельств, указанных в части первой и пункте 1 части первой.2 статьи 237 настоящего Кодекса; 
6) выявление данных, свидетельствующих о несоблюдении лицом условий и невыполнении им обязательств, предусмотренных досудебным соглашением о сотрудничестве.

Таким образом это никак не повлияет на отмену приговора.