Что делать, если МФО не закрыла досрочно оплаченный займ и продолжает начислять долг?

Дополню.

Деятельность по внесудебному взысканию просроченной задолженности строго регламентирована положениями Федерального закона «О защите прав и законных интересов физических лиц при осуществлении деятельности по возврату просроченной задолженности и о внесении изменений в Федеральный закон „О микрофинансовой деятельности и микрофинансовых организациях“ от 03.07.2016 N 230-ФЗ.

Так, в силу положений части 2 статьи 6 этого Закона,

Не допускаются направленные на возврат просроченной задолженности действия кредитора или лица, действующего от его имени и (или) в его интересах, связанные в том числе с:

1) применением к должнику и иным лицам физической силы либо угрозой ее применения, угрозой убийством или причинения вреда здоровью;

 
2) уничтожением или повреждением имущества либо угрозой таких уничтожения или повреждения;

…
 
4) оказанием психологического давления на должника и иных лиц, использованием выражений и совершением иных действий, унижающих честь и достоинство должника и иных лиц;

5) введением должника и иных лиц в заблуждение относительно:

 
а) правовой природы и размера неисполненного обязательства, причин его неисполнения должником, сроков исполнения обязательства;

В сложившейся ситуации, Вам имеет смысл:

1) подать кредитору заявление об отказе от взаимодействия (ст. 8 Закона),

2) подать кредитору заявление о выдаче справки о принятии надлежащего исполнения (ст. 408 ГК РФ),

3) подать жалобу на нарушения закона со стороны кредитора — в надзорный орган, это — территориальный орган (региональное Управление ФССП РФ, приставы).

Это ещё раз говорит в пользу Вашей версии — всё, что от Вас требовалось, Вы сделали, дальше пусть разбираются сами, из Вашего банка платёж ушёл, дальнейшие разбирательства — их забота. А угрозы недопустимы при любом развитии событий, пусть ищут деньги через свой банк, можно перенести спор и в суд, по запросам суда выяснить судьбу денег может быть проще.

Что делать у такой ситуации? Обращаться в суд?

 Обращаться в суд пока не с чем. Основание появится, как только якобы просрочку внесут в Вашу кредитную историю.

Пока ждите взыскания: судебный приказ отмените, они подадут полноценный иск, а там уж Вы подадите возражение с приложением платежных документов.

Решение будет в Вашу пользу, а Вы еще взыщете с кредитора судебные расходы.