Нам нужно зарегистрировать программный код, и мы не знаем как это сделать, и как лучше - под ип или ооо?

Здравствуйте, Егор!

первоначально автором кода может быть только гражданин, он может в статусе обычного физ лица или ИП зарегистрировать ПО в Роспатенте на себя.

Если регистрировать ПО на организацию, нужен договор между автором кода (группой авторов) и юр лицом, только при его наличии можно подавать заявку от юр лица.

А в целом от кого подавать зависит от проекта и планов по его реализации, от того, кому в конечном итоге он будет принадлежать и кто им будет управлять

В любом вопросе важен индивидуальный подход и внимание к деталям,  мы можем все обсудить в чате и вместе прийти к успешному решению.