Риски при въезде в РФ и изъятии загранпаспорта для военнообязанного без военного билета

Добрый день.

как думаете могут ли принимать в Питерском аеропорту военкоматчики?

 Нет. 

Делать они этого не будут, поскольку сейчас сведения о Вашем отношении к воинской обязанности у Вас могут уточнить и пограничники (уже имелась подобная практика).

Более того, военкомат не лишен права направить в пограничную службу сведения об ограничении Вам выезда за пределы РФ, основываясь на ст. 7.1 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»
и ст 4 ФЗ от  04.08.2023 N 437-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»

3. Запрет на выезд из Российской Федерации в качестве временной меры, направленной на обеспечение явки гражданина, подлежащего призыву на военную службу, применяется:
1) со дня направления гражданину повестки военного комиссариата, в том числе направления повестки военного комиссариата по месту работы (учебы) гражданина для вручения ее руководителем или другим ответственным за военно-учетную работу должностным лицом (работником) организации такому гражданину;

Повестка Вам могла быть направлена и ранее по почте о чем Вы можете и не знать, в связи с чем запрет вполне мог быть сформирован, а соответственно, в отношении Вас могло быть принято решение о запрете на выезд.

И в этой связи, исходя из требований ФЗ от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» паспорт у Вас не изымается, а вот ограничение может быть снято после явки в военкомат.