Здравствуйте, как быть?

Мы с коллегами работаем на ООО, моя коллега обратилась к районном прокурору с заявлением, что наш начальник (руководитель) нарушает трудовой законодательно и это уже не маленький срок, терпения нет. Руководителя вызвали к прокурору, там он сказал, что организация коммерческая и исходя из условий работы, они не должны соблюдать трудовое законодательство, а прокурор не должен вмешиваться в их деятельность. Разве руководитель прав? это же не правомерно! А прокурор будет что-то делать вообще?