РФ и прописаны тут, сын призывного возраста является студентом очного отделения на территории РФ, как нам сняться с учета в военкомате в РБ и сняться с регистрации в РБ

В силу ст. 17 Закона Республики Беларусь от 5 ноября 1992 года №1914-XII О воинской обязанности и воинской службе снятию с воинского учета подлежат граждане оформившие выезд для постоянного проживания (оформившие постоянное проживание) за пределами Республики Беларусь.

Порядок оформления постоянного проживания за пределами РБ определяется постановлением Совета Министров РБ 30 марта 2010 г. № 467 О порядке оформления постоянного проживания за пределами Республики Беларусь граждан Республики Беларусь

в силу которого для указанной цели следовало подать заявление об оформлении постоянного проживания за пределами Республики Беларусь которое подается в дипломатическое учреждение РБ в РФ.

5. Для оформления постоянного проживания за пределами Республики Беларусь гражданин, достигший 18-летнего возраста либо приобретший дееспособность в полном объеме в соответствии с законодательством, подает лично заявление по форме согласно приложению 1 и представляет иные документы, указанные в подпункте 11.4.1 пункта 11.4 перечня административных процедур.

С формой заявления и требованиям к документам можете ознакомиться по ссылке 

https://pravo.by/document/?guid=3871&p0=C21000467

И тут есть нюанс 

13. УГиМ ГУВД (УГиМ УВД) в течение 5 дней со дня поступления запроса направляют запрос в военный комиссариат (обособленное подразделение военного комиссариата), в котором гражданин состоит или обязан состоять на воинском учете. Военный комиссариат (обособленное подразделение военного комиссариата) в течение 15 дней направляет информацию о согласии на оформление постоянного проживания за пределами Республики Беларусь инициатору запроса.

При согласии военкомата на оформление постоянного проживания за пределами РФ Вашего сына снимают с воинского учета.