Добрый день.
Закон № 223-ФЗ не регулирует этот вопрос. Поэтому если это условие было прямо предусмотрено в документации закупки, то, да, снижение цены договора на размер НДС будет правомерным.
Если не было предусмотрено, то снижать цену договора на сумму НДС не стоит, т.к., во-первых, неплательщик НДС может заплатить НДС на основании п. 5 ст. 173 НК РФ, во-вторых, участник закупки скорее всего подавал заявку с учётом своей системы налогообложения и с учётом того, что в порядке формирования цены контракта не было указано, что цена контракта будет уменьшена на сумму НДС.
Удачи вам!