В данный момент я и муж проживаем в другой стране, но у него так же есть прописка в России

Подскажите, в исковом заявлении могу ли я указать его адрес прописки в России

 Да, указывайте последний известный вам адрес, так же можете указать и номер телефона, электронную почту.

«Фактически брачные отношения между истицей и ответчиком прекращены»?

 Да, имеете право указать, что фактические брачные отношения прекращены с такого-то месяца и года.

Здравствуйте! Да, в исковом заявлении Вы должны указать адрес регистрации в России. Согласно ст. 20 ГК РФ

Местом жительства признается место, где гражданин постоянно или преимущественно проживает. 

Так как брак зарегистрирован в РФ то применяется положения семейного законодательства РФ. 

Также исковое заявление о расторжении брака Вы подаете по месту жительства ответчика согласно ст. 28 ГПК РФ. Согласно ч. 4 ст. 29 ГПК РФ возможно подавать исковое заявление о расторжении брака по месту жительства Истца ( по Вашему месту регистрации в РФ), только если при нем ( истце) находится несовершеннолетний или по состоянию здоровья выезд истца к месту жительства ответчика представляется для него затруднительным. Если указанных оснований нет, то подавать необходимо по месту жительства истца. Местом жительства в данном случае будет место регистрации мужа в РФ. Также необходимо согласно пп. 3  ч. 2  ст. 131 ГПК РФ указать место жительства ответчика. 

Ссылка на статью 131 ГПК РФ 

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_39570/69470b15e4eb033f5bfa691094e1d083f32238e9/

Можете добавить пункт о том, что фактически брачные отношения между истицей и ответчиком прекращены. Можете указать 

Здравствуйте .

Подскажите, в исковом заявлении могу ли я указать его адрес прописки в России (вместо адреса в другой стране)?

 Да, у Вас в соответствии с законодательством есть обязанность уведомлять ответчика по его месту жительства в Российской Федерации. При этом регистрация («прописка») является именно подтверждающим место жительства физического лица фактом. Поэтому в статье 29 ГПК указано

Иск к ответчику, место жительства которого неизвестно или который не имеет места жительства в Российской Федерации, может быть предъявлен в суд по месту нахождения его имущества или по его последнему известному месту жительства в Российской Федерации.

В Вашем же случае формальное место жительства в России у человека есть и Вам достаточно уведомить его таким образом. Риск неполучения корреспонденции он несет там. При этом поскольку речь идет о разводе, в котором суд Вам не может отказать (может только дать срок на примирение, но в конце концов отказать не может), это не является сильно важным. 

Также не забывайте, что Вам не только нужно указать место жительства супруга, но и направить ему иск по этому формальному месту жительства, а подтверждающие направление иска документы приложить к иску. 

Муж всё еще проживает на моей территории, поскольку отказывается съезжать, могу ли я несмотря на это добавить пункт «Фактически брачные отношения между истицей и ответчиком прекращены»?

 Вам не обязательно обосновывать развод какими-либо аргументами. Но если буквально отвечать на Ваш вопрос: да, можете включить такой пункт и факт совместного проживания никаким образом не влияет на Ваше право развестись.