Здравствуйте, Михаил,
Наличие судимости не является основанием для отказа в выдачи загранпаспорта.
Загранпаспорт не выдается при наличии оснований для запрета выезда за границу.
Согласно п. 4 ст. 15 Федерального закона от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:
4) осужден за совершение преступления, — до отбытия (исполнения) наказания или до освобождения от наказания;
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_11376/5a4fdcdf4ce525c4221a12682fc98e6e3fc9e17a/
Таким образом, если вследствие акта помилования Вы освобождены от дальнейшего отбывания наказания — нет оснований для ограничения в праве на выезд из РФ — и, соответственно, отказ в выдаче загранпаспорта не законен.
Об этом указано в «Административном регламенте Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по оформлению и выдаче паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, содержащих электронный носитель информации», утвержденном Приказом МВД России от 31.12.2019 N 996:
48. Основаниями для отказа в предоставлении государственной услуги являются:
48.1.1. Установление в соответствии со статьей 15 Федерального закона от 15 августа 1996 г. N 114-ФЗ обстоятельств, влекущих временное ограничение права гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации.
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_346719/0cc5ab0d8b23c58734a0ca4e6a9392366b3b6933/
У Вас ограничений на выезд нет — поскольку вследствие акта амнистии Вас освободили от наказания.
Далее продолжу.
Вам следует обжаловать отказ в выдаче загранпаспорта по указанному основанию.
Обжалование возможно во внесудебном порядке или в суд.
Сначала используйте первый вариант.
Досудебный (внесудебный) порядок обжалования расписан в разделе V «Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по оформлению и выдаче паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, содержащих электронный носитель информации», утвержденном Приказом МВД России от 31.12.2019 N 996:
https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_346719/fce5a30badf8bbe5c0fae5e7038163b7bba5feba/
Подготовьте жалобу и направьте ее в подразделение по вопросам миграции, предоставляющее государственную услугу по выдаче загранпаспорта, и которое отказало Вам в этой услуге.
Желаю удачи,