Здравствуйте. В соответствии с п. 3 ст. 229 НК РФ в случае прекращения деятельности налогоплательщиками индивидуальными предпринимателями, до конца налогового периода, указанные лица в пятидневный срок со дня прекращения такой деятельности обязаны представить в налоговый орган налоговую декларацию о фактически полученных доходах в текущем налоговом периоде.
ФНС России в письме от 13.01.2016 N БС-4-11/114@ разъяснила, что предприниматель, решивший прекратить деятельность в качестве ИП, обязан представить в налоговый орган декларацию в течение пяти дней с момента внесения записи в ЕГРИП о прекращении физлицом деятельности в качестве ИП и снятия его с учета.
После закрытия ИП электронная подпись (ЭЦП) не прекращает своего действия, если она была выдана на физическое лицо. Однако, если ЭЦП была выдана на ИП, то ее срок действия зависит от даты закрытия ИП.
Таким образом Вы можете сначала внести в ЕГРИП сведения о прекращении деятельности, а затем с помощью ЭЦП подать налоговую декларацию, если ЭЦП была зарегистрирована на физическое лицо. Если наоборот, то полагаю, во избежание утраты возможности пользоваться ЭЦП, зарегистрированной на ИП, сначала подать декларацию, а затем осуществить все действия по прекращению деятельности предпринимателя.
В таком случае вначале подаете декларацию, а затем прекращаете деятельность, если конечно все упирается в ЭЦП.