Насколько такой подход правильный со стороны работодателя и законно ли это?

Здравствуйте! Положения трудового договора обязательны для работодателя, Вы пишите. что 

Но при этом в графике смен, как и в трудовом договоре, пишется, что мы работаем по 12 часов.

 Согласно ст. 22 ТК РФ 

Работодатель обязан: соблюдать трудовое законодательство и иные нормативные правовые акты, содержащие нормы трудового права, локальные нормативные акты, условия коллективного договора, соглашений и трудовых договоров

Соответсвенно если идет переработки, то оплата должна быть как за сверхурочную работу. Привлечение к сверхурочной работе допускается с Вашего согласия, за исключением случаев, предусмотренных ст. 99 ТК РФ. 

Оплата сверхурочной работы должна производиться согласно ст. 152 ТК РФ ,  а именно:

Сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы — не менее чем в двойном размере. Конкретные размеры оплаты за сверхурочную работу могут определяться коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором.

С учетом того, что обеденный перерыв у Вас менее часа, Вы пишите. что 

Сначала я думал, что 1 час отводится на обеденный перерыв, но руководство дает нам на обед ограниченное количество времени, при отсутствии пациентов. И на обед выходит максимум от 15 до 20 минут. Также на работу приходится приходит за 20 минут раньше, чтобы подготовиться к открытию и уходить после 9 вечера, при закрытии. Это как минут еще 40 минут потраченного времени на работе.

 У Вас есть основания для обращения к работодателю для оплаты сверхурочного времени Вашей работы согласно законодательству. Если не последует ответа и выплат, то Вы вправе обратиться к инспекцию труда для проведения проверки.

 Если Вам нужна дополнительная консультация, Вы можете написать мне в чат.

Хорошего дня!