И если да, то может ли военкомат настоять на призыве в армию, поскольку есть очно-заочная форма обучения

Если я поступлю в магистратуру на два направления, одно очно- заочное, другое очное, сохранится ли у меня отсрочка от армии?

 Если речь идет о военной службе по призыве,то факт обучения в магистратуре по очной форме обучения — будет достаточным основанием для предоставления отсрочки от призыва.

Для целей ее получения по смыслу ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» достаточно соблюсти следующие условия

2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.

Таким образом, необходимо обучение по очной форме обучения в вузе имеющим государственную аккредитацию, поступив в него в год окончания обучения по программе бакалавриата.

Очно-заочная форма обучения на отсрочку не влияет.

И если да, то может ли военкомат настоять на призыве в армию, поскольку есть очно-заочная форма обучения.

 Нет, не сможет — для этого нет оснований.