ООО на УСН в соответствии с тем, что доля юрлица не превышает 25% установленных законом

Добрый день. 

На мой взгляд риски подобного развития событий  есть.

В соответствии со ст. 346.12 НК не могут применять УСН 

14) организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов.

Пока само общество владело долей в течении установленных сроков, доля участия сторонней организации так и оставалась  менее 25%. В этом случае Вы не подпадали  под запрет на применение УСН, в связи с чем риска перерасчета налогов по ОСНО не было. Но после того как возникла обязанность по  уменьшению стоимости уставного капитала, в процентном выражении доли участия должны были у участников  вырасти, не смотря на то что сам капитал должен уменьшиться. В этом случае, если при расчетах доля участия организации в ООО становилась бы более 25%,  ООО утрачивало бы право на применение УСН.

На мой взгляд ФНС в этом случае может встать а позицию что несовершение данных действий ООО имело целью построения схемы с уходом от ОСНО и применением УСН, когда права на это нет, с перерасчетом налогов по ОСНО, с доначислением пени и штрафов. 

В качестве варианта — попробуйте обратиться с запросом в Минфин https://minfin.gov.ru/ru/appeal/

Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

С уважением Евгений Беляев