Можно ли зарегистрировать брак, находясь в разных городах?

В ЗАГСе расписывают только при личном присутствии обоих. 

Статья 11. Порядок заключения брака

1. Заключение брака производится в личном присутствии лиц, вступающих в брак, по истечении месяца и не позднее двенадцати месяцев со дня подачи заявления в орган записи актов гражданского состояния в дату и во время, которые определены лицами, вступающими в брак, при подаче ими заявления о заключении брака.

Валерия, здравствуйте! Вы путаете два понятия: подача заявления о регистрации брака и сама процедура регистрации брака.В соответствии с ч.2 ст.36 Федерального закона от 15.11.1997 N 143-ФЗ  «Об актах гражданского состояния»:

В случае, если одно из лиц, вступающих в брак, не имеет возможности явиться в орган записи актов гражданского состояния или многофункциональный центр предоставления государственных и муниципальных услуг для подачи совместного заявления, предусмотренного пунктом 1 настоящей статьи, волеизъявление лиц, вступающих в брак, может быть оформлено отдельными заявлениями о заключении брака. Подлинность подписи лица, которая совершена на таком заявлении, должна быть нотариально засвидетельствована,

При подаче заявления невеста должна представить от жениха нотариально удостоверенное заявление. Также вы можете подать заявление о заключении брака через единый портал государственных и муниципальных услуг. Имея учетную запись вы можете выбрать дату и время регистрации, даже находясь в разных городах.Это что касается подачи заявления, о чем вы говорите в уточнении к своему вопросу.Но в самом вопросе вы спрашиваете про процедуру регистрации брака.А это совсем разные понятия.При регистрации должны присутствовать оба.