Дарья, добрый день.
1. Из требования буквально не следует, что задолженность по транспортному налогу насчитана за указанные Вами годы. Возможно, у Вас больше информации.
Отвечая на Ваш вопрос, буду исходить из того, что это действительно задолженность за 2015-2017 гг.
2. Транспортный налог исчисляется по правилам главы
Так, в соответствии с п.3 ст.363 НК РФ
3. Налогоплательщики — физические лица уплачивают транспортный налог на основании налогового уведомления, направляемого налоговым органом.
Направление налогового уведомления допускается не более чем за три налоговых периода, предшествующих календарному году его направления.
Поэтому первый момент, на который следует обратить внимание — прходили ли Вам ранее налоговые уведомления за каждый из налоговых периодов 2015-2017 гг.
Если не приходили и налоговый орган не сможет доказать их направление, то отрицательное сальдо сформировано с нарушениями закона.
Если уведомления приходили, то срок обращения в суд налоговым органом исчисляется по правилам ст.48 НК РФ (учитывать следует несколько критериев -см.п.3) и исходить из них.
Кроме того, требование может быть оспорено Вами в вышестоящий налоговый орган, как акт ненормативного характера (ст.138 НК РФ).
Говорить о чем-то более конкретно не представляется возможным, информации в описании Вашего вопроса недостаточно.
Положения ГК РФ об исковой давности не применяются в налоговом праве. Возражающую правовую позицию следует строить на других положениях законодательства, не на ст.196 ГК РФ..