Вычет по НДФЛ предоставляется по налоговой декларации. Ваш налоговый агент должен был предоставить ФНС сведения об уплаченном на Вас НДФЛ, сумму которого можно вернуть в пределах установленного лимита.
Если как ИП Вы будете продолжать платить НДФЛ, но уже самостоятельно по видам деятельности, по которым такое возможно, то право на вернуть уплаченный НДФЛ сохранится.
Если же как ИП Вы перейдете на другую систему налогообложения, например, упрощенную систему налогообложения (УСН), то НДФЛ на себя Вы уже платить не будете и, соответственно, возвращать Вам уже будет нечего.
Если же Вы совмещаете деятельность, по которой налоговый агент уплачивает на Вас НДФЛ, с деятельностью ИП, по которой Вы будете платить другой налог, то Вы можете вернуть тот НДФЛ, который будет уплачен на Вас, Вашим налоговым агентом (например, работодателем).