Какие ещё документы следует приложить в защиту ООО?

На усмотрение МВД. 

В случае наложения штрафа через суд можно попытаться уменьшить.

Здравствуйте, Юлия!

Можно попробовать «перевести стрелки» на должностное лицо, назначенное ответственным за подачу уведомлений в МВД  (зам. ГД, нач. отд. кадров, например). Потребуется должностная инструкция с такими обязанностями, или приказ о назначении ответственного лица с его ознакомлением (естественно, все задним числом), какой-то локальный акт работодателя может быть, где по должности контроль возложен на приносимое в жертву долж. лицо. 

Ст. 2.1 КоАП РФ:

2. Юридическое лицо признается виновным в совершении административного правонарушения, если будет установлено, что у него имелась возможность для соблюдения правил и норм, за нарушение которых настоящим Кодексом или законами субъекта Российской Федерации предусмотрена административная ответственность, но данным лицом не были приняты все зависящие от него меры по их соблюдению.

Но это палка о двух концах, если не удастся договорится на этот вариант с МВД.

В соответствии с частью 3 статьи 2.1 КоАП РФ в случае совершения юридическим лицом административного правонарушения и выявления конкретных должностных лиц, по вине которых оно было совершено (статья 2.4 КоАП РФ), допускается привлечение к административной ответственности по одной и той же норме как юридического лица, так и указанных должностных лиц.

с задержкой на 2 дня

 проверьте, на сколько нарушен срок, он же исчисляется в рабочих днях, к тому же 115-ФЗ не устанавливает правил исчисления сроков, а если по аналогии применять ГК РФ или ст. 4.8 КоАП РФ, то этот срок начинает течь после даты приема иностранца — вдруг Вы меньше срок нарушили.

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).

В вашем случае нужно пытаться уменьшить размер штрафа так вы можете просить уменьшить размер штрафа и назначить наказание ниже низшего предела в случае если :

совершение правонарушения впервые;

добровольное устранение нарушений;

отсутствие обстоятельств, которые отягчают административную ответственность;

характер совершенного нарушения;

отсутствие вредных последствий; имущественное и финансовое положение привлекаемого к ответственности лица.

Так же я в вашем ходатайстве рекомендую ссылаться на статьи 2.9 и 4.2 коап рф. А именно акцентируйте внимание на отсутствии общественной опасности отсутствии вреда а так же на малозначительности деяния.